I 1531 var Francisco Pizarro den første, der landede på kysten af det, der nu er Ecuador. Der opdagede han et imperium, der strakte sig næsten tre tusind miles langs den vestlige kyst i Sydamerika. Det var inkaernes store imperium.
Befolkningen i dette imperium var 16 millioner mennesker, det var større end enhver europæisk stat, der eksisterede på det tidspunkt. Imperiet var godt kørt. Hver borger arbejdede, og statens kornkorn var fulde af korn, så ingen var sulten, selvom der var en dårlig høst i nogen provins. Gode veje førte til alle dele af landet, så nyheder og dekret nåede hver landsby.
Livet i Inca-imperiet blev fuldstændigt kontrolleret, og alle var så lydige, at det måske var grunden til, at imperiet kollapsede. Da Pizarro invaderede imperiet med sine 180 soldater, brød der en konflikt mellem inka-lederne Huascar og hans halvbror Atahualpa, som skulle være hersker. Atahualpa vandt.
Pizarro fangede ham ved forræderi. På samme tid blev Huascar fanget og dræbt. Derefter dræbte Pizarro også Atahualpa. Inka-imperiet blev efterladt uden en leder og kunne ikke modstå den spanske invasion.
De amerikanske indianere var vant til at adlyde, men nu blev ordrene givet af de spanske erobrere. Spanierne var interesseret i Inka-minerydningen efter mineraler, så de tvang dem til at arbejde i miner. Landbrug de forsømte. Mange indianere døde af hårdt arbejde og mangel på mad. Inka-imperiet faldt i forfald.
Mange indianere overlevede denne periode, og deres efterkommere blev hovedbefolkningen i Andesbjergene i Ecuador, Peru og Bolivia.