Tabte byer i Amazonas har længe været en kliché i lavprofil fiktion; seriøse videnskabsmænd så på selvaen som et miljø, hvor kun primitive menneskelige kulturer kan eksistere. Antropologiske undersøgelser har hidtil bekræftet dette synspunkt: Amazonas er et sted, hvor indiske stammer bor, beliggende på niveauet for stenalderen
Arkæologiske data modsætter sig imidlertid antropologiske data: en videnskabsmand fra University of Florida (USA) Augusto Oyuela-Caicedo foretager udgravninger i det nordøstlige Peru i junglen nær byen Iquitos. Hans konklusioner bekræfter teorien, der for nylig har spredt sig i videnskabelige kredse, om, at inden europæernes ankomst til Amazonas var der en udviklet kultur med en befolkning på op til 20 millioner mennesker (meget mere end de nuværende indbyggere i Amazonas).
Findes i indiske barrows - keramik og jord, hovedsageligt den såkaldte terra preta ("sort jord"), som er en blanding af lokal jord med humane affaldsprodukter, trækul og aske. Spor af en uddød kultur findes overalt i Amazonas: terra preta lag af den brasilianske arkæolog Eduardo Neves fra University of São Paulo og hans amerikanske kolleger findes i nærheden af Manaus. Indianerne øgede junglens produktivitet ikke kun ved at befrugte jorden: der er overalt jungleområder med et unormalt antal træer, der bærer spiselige frugter. Ifølge tilhængerne af eksistensen af avancerede civilisationer i Amazonasbassinet i den førkolumbianske æra er disse resterne af frugtplantager. Arkæologiske fund i Bolivia og Brasilien (nær Xingu-floden) indikerer:Allerede i slutningen af 1. årtusinde e. Kr. var indbyggerne i Amazonas i stand til at flytte tonsvis af jord, bygge kanaler og dæmninger, der ændrede flodbed.
Ændringen i synspunkter fra forskere på de gamle kulturer i Amazonasbassinet begyndte med undersøgelsen af Anna Roosevelt fra University of Illinois i Chicago i 1980'erne: på verdens største ferskvandsø Marajo ved mundingen af Amazonas fandtes fundamenter af huse, keramik af høj kvalitet og spor af udviklet landbrug.
Forskere, der benægter eksistensen af avancerede kulturer i Amazonas i fortiden (for eksempel Betty Meggers fra Smithsonian Institution), betragter teoretikerne som opportunister, der søger at blive berømte ved at modsætte sig klassiske synspunkter. De argumenterer: hvis der i Amazonas bassinet var mere avancerede autokthon kulturer end nu, så adskiller de sig ikke for meget fra de nuværende - hverken med hensyn til udviklingsniveau eller med hensyn til befolkning.
Som svar citerer adepterne af den udviklede Amazon den spanske Dominikanske munk og kroniker Gaspar de Carbajal, der i 1541, efter at have sejlet langs floden Napo, skrev om "mousserende hvide byer", "meget frugtbart land", "smukke veje" og kanoer, der var i stand til at bære snesevis af krigere … Forskere hævder, at en avanceret civilisation omkom på grund af sygdomme indbragt af europæere, og byer bygget af træ og relativt kompakte marker blev meget hurtigt og næsten fuldstændigt opslukket af junglen. (Det skal her huskes, at forskellige kulturer har forskellige evner til at efterlade spor efter arkæologer - afhængigt af de anvendte materialer. Hvis det ikke var for et par mirakuløst bevarede noter om let forfaldende birkebark, ville de fleste af de gamle novgorodianere have været betragtet som analfabeter.)
Og endnu en beskyldning mod dem, der betragter Amazonas som hjemlandet for højtudviklede kulturer: med deres udsagn om regionens evne til at fodre millioner af mennesker uden at skade miljøet, hjælper de virksomheder med at lobbyvirke for den aktive udvikling af regionen. Eduardo Neves reagerer på denne måde: "Vi humaniserer Amazonas historie."