Noget mystisk blev ofte vævet ind i Apollo-flyvningerne. Apollo 12 blev ledsaget af to lysende UFO'er i løbet af de tre kredsløb omkring månen. Apollo 13-missionen var fuldstændig mislykket. Ved månen begyndte mystiske lys at hjemsøge ham. Den 13. april 1970 eksploderede en iltank uventet om bord, og astronauterne måtte opgive månelandingen i Fra Mauro-krateret.
Der er en version om, at ilttanken blev sprængt af en UFO, hvilket forhindrede amerikanerne i at bringe en atombombe til månen til seismisk forskning. Som et resultat af denne ulykke lykkedes det kun med store vanskeligheder for astronauter at komme ind i en jordbane og vende tilbage til deres hjemplanet. Apollo 15-missionen observerede en enorm UFO, der langsomt flyver over månens overflade. Endelig opdagede Apollo 16-kommandør John Young et pænt glasprisme i månestøvet, der anslås at være milliarder år gammelt.
I 1996 udkom en bog af Dr. Edwin Rice, en af forfatterne til Apollo 17-projektet med titlen "Lost Space" i USA. Rais hævdede, at astronauterne på denne ekspedition mødte visse indbyggere på månen. Mens de rejste på overfladen af vores planets satellit på Rover, stødte de angiveligt på en lille, hvælvet kuppelstruktur, hvorfra pludselig omkring et dusin mærkelige væsner strømmede ud. De forsøgte ikke at angribe køretøjet, men pludselig ophørte det med at adlyde astronauterne. Samtidig lyder en klar, klangfuld tale i deres hovedtelefoner, der blev sendt videre til Houston, hvor den straks blev oversat fra latin.
Det viste sig, at skabningerne fortalte astronauterne, at de var invaderet fremmed territorium, og at de skulle gå hjem. Så snart alle og alt forstod, blev kontrol over Rover genoprettet, og jordboerne skyndte sig til deres køretøj til månefærd.
