Den første kendte anvendelse af kryptografi antages at være brugen af specielle hieroglyfer for ca. 4.000 år siden i det gamle Egypten. Elementer af kryptografi blev allerede fundet i inskriptionerne af de gamle og mellemste kongeriger, der er kendt fuldstændigt kryptografiske tekster siden perioden fra XVIII-dynastiet. Hieroglyphic skrift, afledt af piktografi, var fyldt med ideogrammer og som et resultat af den manglende vokalisering gjorde det muligt at oprette fonogrammer i henhold til princippet om gåder.
Kryptografi af egypterne blev ikke brugt til at gøre læsning vanskelig, men mere sandsynlig, med skriftlærdes ønske om at overgå hinanden med viden og opfindsomhed, og også ved hjælp af usædvanligt og mystisk at henlede opmærksomheden på deres tekster. Et af de illustrative eksempler er tekster til forherligelse af adelsmanden Khnumhotep II (XIX århundrede f. Kr.) fundet i en velbevaret grav nr. BH 3 i området Beni Hasan.
De gamle egyptere brugte mindst tre krypteringssystemer.
I de gamle indiske tekster, blandt de 64 kunstarter, kaldes metoder til ændring af teksten, nogle af dem kan tilskrives kryptografiske. Forfatteren af tabletten med opskriften til fremstilling af glasur til keramik fra Mesopotamia brugte sjældne betegnelser, udeladte bogstaver og erstattede navne med tal for at skjule det, der blev skrevet. I fremtiden er der forskellige henvisninger til brugen af kryptografi, hvoraf de fleste vedrører brug i militære anliggender.
Med fremkomsten af fonetisk skrivning blev skrivningen straks forenklet. I det gamle semitiske alfabet i II årtusinde f. Kr. var der kun ca. 30 tegn. De betegnede konsonanter samt nogle vokallyde og stavelser. Forenkling af skrivning medførte udvikling af kryptografi og kryptering.
Eksempler på brugen af kryptografi kan findes i de hellige jødiske bøger, herunder profeten Jeremias bog (6. århundrede f. Kr.), hvor en simpel krypteringsmetode kaldet atbash blev anvendt. I stedet for det første bogstav i alfabetet skrev de det sidste, i stedet for det andet - den næstsidste, og så videre.
En af de ældste kendte kryptografiske enheder er skitala, også kendt som "cifferet for det gamle Sparta". Skitala (eller scitala fra det græske σκυτάλη, wand) er en enhed der bruges til at udføre permutationskryptering. Skitalaen bestod af en cylinder og en smal pergamentstrimmel pakket rundt om den i en spiral, hvorpå der blev skrevet en besked. Denne enhed blev opfundet af Spartanerne og vides at være blevet brugt i Sparta-krigen mod Athen i slutningen af det 5. århundrede f. Kr. e.