Moderne videnskaber, der bruger logik som et værktøj til erkendelse, støder ofte på teoretiske modsætninger eller modsigelser mellem konsekvenserne af teori og de verbaliserede resultater af erfaringer, eksperiment. Dette skyldes logiske fejl i konstruktionen af vurderinger, ufuldkommenhed af i øjeblikket eksisterende videnskabelige metoder eller utilstrækkelig nøjagtighed af de instrumenter, der er anvendt i eksperimenter, samt utilstrækkelighed af den accepterede idealisering, dvs. forkert aksiomatisering af teorier.
Tilstedeværelsen af et paradoks stimulerer ny forskning, en dybere forståelse af teorien, dens "indlysende" postulater og fører ofte til dens fulde revision.
Paradokser afslører de dybe strømme i den kognitive proces. Proklamerende om den forestående problemer i videnskaben skubber de samtidig beslutsomt fremad og netop ved at bringe nye, endnu mere paradoksale ideer.
Eksempler på paradokser inden for videnskab er Russells paradox, Banach-Tarski paradox, Garais paradox, Smale's Paradox, Hausdorff's Paradox, EPR Paradox, Cosmological Paradoxes.
Paradokser i videnskaben på den ene side indikerer en krise med gammel videnskabelig viden (hvilket forklarer den mange forskeres negative holdning til dette fænomen), på den anden side bidrager de til udviklingen af en ny, dette beviser deres nyttighed og endda en vis nødvendighed. Her kan du se valget mellem fred og udvikling. Hvis videnskab, som den skal, foretrækker udvikling, bør forskere tage paradokser for givet og forsøge at bruge den viden, de giver, på trods af dens uvidenhed og modsætning til de etablerede regler. Det er denne forståelse af paradokset, der antages at være optimal til udvikling af videnskab på nuværende tidspunkt.