En af de gamle mongolske sagn fortæller om en mystisk by beliggende i den moderne Gobi-ørken. I disse fjerne tider steg bølger af det varme hav på ørkenens sted. Ifølge legenden byggede gudernes sønner en storslået by. Hver af de omkringliggende befolkninger kaldte denne by forskelligt, men mongolerne kalder den selv Hara-Khoto.
Oplysninger om en by i så betydelig alder har altid begejstret arkæologer, for i forbindelse med forskningen kan mange spørgsmål som hemmeligheden bag Stonehenge let åbnes. Den mongolske legende fortæller om den sidste hersker over byen, batyren Khara-jian-jun, der erklærede krig mod den kinesiske kejser, men efter at have lidt en række nederlag, skjulte han sig bag Khara-Kotos høje mure. Kineserne foretog imidlertid ikke et håbløst angreb på væggene, men vendte sengen til floden Edzin-Gol fra byen. Med dette træk tvang de kinesiske tropper batyren til at blive involveret i den sidste desperate kamp. Hara-jian-chun valgte mellem død fra tørst og død i kamp. Før det skjulte han skatte på et sikkert sted og dræbte sin familie. Han blev også besejret i slaget, og byens indbyggere blev også dræbt. Hara-Khoto blev ødelagt af kejserens hær.
Et vellykket forsøg på at finde den mistede by blev gjort af den russiske rejsende Pyotr Kozlov, en studerende af Nikolai Przhevalsky. Efter at have modtaget foreløbige oplysninger om Khara-Khoto fra russiske rejsende, der tidligere havde besøgt der, rejste han sammen med en ekspedition på jagt efter den antikke by i 1907.
En vigtig hjælp i denne søgning var støtte fra Peter af lederen af den lokale Torgout Bale-stamme, der gav forskerne en guide, der viste vejen til den gamle by. Byen blev fundet, men ifølge traktaten skulle skatte, der findes i den, gå til stammen. Biblioteket med 2.000 eksemplarer fundet i Hara-Khoto viste sig imidlertid at være meget dyrere end skatte. Ved undersøgelse af lokalerne blev der fundet vægtegninger, på hvilke mystiske skabninger blev afbildet: tohovedede fugle, fisk med menneskelige hoveder, skræmmende drager. Samtidig er figurer af mennesker afbildet ved siden af disse væsener.
Imidlertid måtte Kozlovs ekspedition hurtigt om sommeren sende folk tilbage til deres hjemland, da de lokale troede, at grunden til deres problemer var udlændinges ophold i den gamle by (på dette tidspunkt var der virkelig en alvorlig tørke i området). Ikke desto mindre blev mange af de fundne manuskripter sendt til Skt. Petersborg.
Forskere formåede at lære meget af de dekrypterede dokumenter, men et antal sider indeholder et sprog, der endnu ikke er dekrypteret af nogen. Mange forskere mener, at disse tekster kan indeholde materiale om bygherrer af tårnet og byen. I mellemtiden er det kun tilbage at vente.