Der er stadig ingen pålidelige oplysninger om dette spørgsmål. Nogle lærde mener, at han var en turkisk arisk, oprindeligt fra Kashgar. Andre historikere er tilbøjelige til at tro, at han var en mongol.
Bekræftelse af, at han var af turkisk oprindelse, er det faktum, at korrespondance med de vestlige konger Genghis Khan blev ført på det juraiske sprog og ikke på mongolsk. Der er også en kingizitisk sten, hvorpå der er bevaret en inskription fra den store erobrers tid, også skrevet på turkisk. Fra disse oplysninger konkluderer forskere, at Genghis Khan skrev og talte på turkisk, derfor var en turkiker. Børnene til Genghis Khan blev også navngivet på den turkiske måde: Tule, Jochi, Chagatai, Ukitai.
Andre historikere er enige om, at han ikke tilhørte tatarerne. I modsætning til mongolerne var tatarerne såvel som deres moderne efterkommere Buryats, Kalmyks tilhørende tyrkerne, hans værste fjender. Da Genghis Khan var ni år gammel, forgiftede tatarerne hans far.
Årsagen til at tvivle på hans mongolske oprindelse er beskrivelsen af hans udseende: grågrønne øjne, rødt hår. Sådanne træk ved udseendet er usædvanlige for mongolerne og adskiller ham i høj grad fra hans medstammersmænd.
Forskere afviser heller ikke den version, at Genghis Khan har kasakhiske rødder. Ifølge tilgængelige data blev Genghis Khan født (Temirshin - et marcherende navn fra "temirshi" - "smed") blev født i 1155 på det moderne Mongoliets territorium i klan kiyat (navnet på den kasakhiske klan). Oversat fra kasakhisk lyder hans navn som Shyngyskhan og betyder: "shyn" er den højeste top i bjergene, "gys" er en stråle. Det fulde navn oversættes til "højstrålende khan". Det vides også, at Genghis Khans mor også stammer fra en kasakhisk familie.
Dets nye navn "Genghis Khan" (eller Khan i øst) modtog i 1206 under et generalforsamling mellem byernes hersker. I betragtning af at sådanne klaner som: argyn, kiyat, zhalair, merkit, Kazakhs deltog i dette møde, og udtalelsen opstod, at Genghis Khan hører til Kazakerne. Alle ovennævnte stammer tilhører Kazakh, mongolsk oprindelse. Mongolerne boede på det tidspunkt ikke i det område, hvor Genghis Khan blev født.
Som en bekræftelse af, at Genghis Khan ikke var en mongol, er det, at mongolerne aldrig havde titlen Khan (de har en lignende titel kaldet Kontaishi). Og titlen på khan blev besiddet af de tyrkiske herskere.
Versionen af, at Genghis Khan var kinesisk, synes at være meget interessant. I Kina blev endda et mausoleum af Genghis Khan opført, og han var også med på listen over æres kejsere i Kina. Der er intet officielt bevis for, at han er af kinesisk oprindelse.
Salgsfremmende video: