Webstedet kendt som "Vector" indeholder koppevirus samt prøver af ebola-virussen.
Myndighederne sagde, at gaseksplosionen udløste en brand i et russisk laboratorium, der lagrer vira fra kopper til Ebola.
Eksplosionen fandt sted under renoveringen af et sanitærrum på femte sal i det statlige forskningscenter for virologi og bioteknologi - kendt som Vector - i Koltsovo, i Novosibirsk-regionen, sagde centret mandag. Webstedet var vært for forskning på biologiske våben i den sovjetiske æra og er nu et af de største centre for sygdomsforskning i Rusland.
En arbejdstager fik forbrændinger i tredje grad Branden med et areal på 30 kvadratmeter blev senere slukket.
De russiske myndigheder insisterer på, at der ikke var biofarlige stoffer i det rum, hvor eksplosionen fandt sted.
Koppevirus findes to steder på Jorden: hos Vector og i et andet yderst sikkert laboratorium ved US CDC i Atlanta.
I 2004 døde en forsker i et laboratoriekompleks efter at han ved et uheld stukkede sig selv med en nål med ebolavirus.